甲烷细菌的细胞有杆状或略弯曲;有球状,或球形堆积成立方形,还有螺旋状。极生鞭毛运动或不运动(图9-2)。甲烷菌的分类是近年来以16SrRNA的序列分析为基础重新制定的。16SrRNA在生物进化过程中变化很少,任何可见的差别均指出一个进化历史,研究甲烷菌的16SrRNA揭示甲烷菌是一个异质性很大的菌群。在Methanobacteriales和Methanococcales之间的差别大于G+菌和G-菌之间的差别,与极端嗜盐菌和高温嗜酸菌一样,甲烷菌从本质上不同于所有其他已知菌,在《伯杰系统细菌学手册》第一卷(1984)中Murray R.G.E.把全部原核生物分成四个门,而甲烷细菌和极端嗜盐菌和高温嗜酸菌列入疵壁菌门中的古细菌纲(Class Archaebacteria),下面列举甲烷细菌和真细菌之间主要差别。
目前甲烷细菌已描写了7个属,Blach等(1979)把甲烷菌分为三个目4个科7个属,这是经比较16SrRNA结构进行的分类系统。《伯杰系统细菌学手册》(1984)收入了这7个属,其描述特征列表9-2。
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