在上述两个基本固氮类型之间,有人提出了一个中间类型,称为联合固氮作用(或称联合共生固氮,或半共生固氮)。其特点是,有些固氮细菌能够生活在某些植物根系的粘质鞘套内或根皮层细胞之间;它们和植物的关系表现一定程度的特异性,但不如共生关系那样密切,更不形成特殊的共生结构。一些研究工作指出,联合固氮中微生物的固氮效率比自生固氮高,而专一性又不是很强,因而受到研究者们的重视。不过他们本质上都是自生固氮微生物。 还有一些固氮细菌存在于动物躯体中,如白蚁、船蛆 、反刍动物的瘤胃中均发现过固氮细菌。他们和动物的关系尚不清楚。
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