在培养条件下根瘤菌为杆状,大小0.5~0.9*1.2~3.0um,G-能运动,有2-6根周生鞭毛,或一根端生或侧生鞭毛。不形成芽孢。细胞内常含许多折光性聚β-羟基丁酸颗粒是贮藏性物质,使细胞染色不均匀,有时呈环节状。有粘液物质围绕细胞壁外面,在含碳水化合物多的培养基上生长时粘液尤其丰富。 在根瘤形成中根瘤菌形态逐渐发生变化。开始进入根内时为杆状,随着根瘤的发育菌体变大且变形,染色后表现明显环节状。这些变形的菌体成为类菌体,具有固氮功能。 在碳水化合物酵母汁平面培养基上生长的孤立菌落为圆形,边缘整齐,无色、白色或乳脂色,具有光泽。个别种类具有其它颜色,如某些百脉根根瘤菌形成红色菌落。在培养基上,各种根瘤菌生长的速度不同。生长迅速的豌豆等快生型根瘤菌,两天后即出现菌落,3-5天菌落直径可达2-4mm,生长迟缓的慢生型根瘤菌等5-7天菌落直径一般不超多1mm。
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