根瘤的内部结构和根的结构有很多相似之处。具备顶端分生组织,在其后分化出成排裂的细胞,外面是皮层,内生菌存在于皮层细胞之间,最外面是周皮。与根不同的是没有根管和根毛。包括维管束在内的中柱一般贯通于根瘤中央,和根相连接。但马桑和四数木的中柱偏于一边,横切面呈现马蹄形。 弗氏菌进入寄主细胞后即被一层多糖荚膜物质包围起来,外面再被寄主细胞质膜所包裹,使内生菌与寄主细胞浆隔开。内生菌在寄主细胞内以营养菌丝、泡囊和颗粒体三种形态存在。营养菌丝细胞壁单层,宽度一般在1um以下。菌丝在寄主细胞内分裂繁殖, 穿过细胞壁而感染邻近细胞。某些菌丝的顶端分化出膨大的泡囊,它的基部有一隔膜与菌丝分开。在不同寄主细胞内泡囊形态和排列可以不同,呈球形、梨形或棒状、木麻黄中未发现明显的泡囊。在根瘤衰老的部位常常出现颗粒体,呈多角形,直径0.5-1um,形成于孢子囊内。也有的研究者将颗粒体称之为孢子,当其出现时菌丝和泡囊开始解体。不是所有的内生菌都形成孢子或颗粒体。 根据孢子形成与否及其多少,可以将根瘤分为两类:(1)Sp(+)或P型,在根瘤中形成孢子;(2)Sp(-)或N型,不形成孢子,或很少形成孢子。这种差别是内生菌的遗传性在寄主细胞内的表现。有趣的是,这两种类型内生菌在多数培养基上都形成孢子囊,但P型菌株形成的孢子囊大得多,而生长则慢的多,菌落也小些。愈来愈多的证明认为两类菌株形成的根瘤菌在生理上也有差别。有些N型菌株形成的根瘤有效提高,比P型根瘤生长得好。
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